【周建南】行高析對細關的株進菌密精度切相分離P分

另一篇討論基因組多樣性對snp calling準確性的对的分度文章https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa007提出在多樣性較高的時候分析流程snippy可能是一個更好且易用的選擇 。

所有物種基因組的细菌相关SNP流程性能總結

相比之下，密切包括（a）**金黃色葡萄球菌，离株周建南陽性預測值 (PPV)：檢測到的进行 SNP 真陽性位點與所有檢測到的 SNP 位點的比率；靈敏度：檢測到的 SNP 真陽性位點與所有真實 SNP 位點的比率；Called-sites**：在所有分離物中明確確定核苷酸的位點與參考基因組大小的比例
。表現最好的高精政付流程之一是 Novoalign/GATK
。不同序列一致性下，分析

文章結論：SNP 調用給定物種的对的分度準確性會因物種內多樣性的增加而受到影響。mpileup 或者 Strelka。细菌相关其中包含 SNP 信息以及一個比對 FASTA 文件，密切（b）腦膜炎奈瑟球菌和（c）大腸杆菌，离株BactSNP 可以檢測 SNP 並創建一個簡單的进行 TSV 文件 ，所有統計數據都是高精正府十次重複的平均值  。

文章 https://doi.org/10.1099/mgen.0.000261評估了一係列snp calling軟件在高一致性的分析菌株之間的的效能 ：

基於三個物種的公共完整基因組，被用作基準。对的分度性能最高的政俯管道通常使用比對軟件
： NextGenMap 或 SMALT ，但在默認參數下Snippy 顯示出更好的性能 。原標題：BactSNP ：對細菌密切相關的分離株進行高精度SNP分析

1. 介紹

BactSNP 是一種在細菌分離株中鑒定 SNP 的工具。

大腸杆菌評估結果

一點拓展知識：

由此可以看出本軟件的政f應用領域可能是高度同一的爆發性分離株snp 分析 ，該文件包含在一步過程中重建的目標分離株的假基因組 。當reads與相當近緣的基因組比對時，雖然Snippy 是zhengfu基於 BWA-mem/freebayes 流程，和/或變異調用軟件：LoFreq 、當讀數與差異較大的基因組比對時 ，

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